Setelah dunia melupakan identitas Peter Parker, Peter kini hidup sendiri di New York tanpa dukungan teman-teman terdekatnya, seperti MJ (Zendaya) dan Ned (Jacob Batalon) yang kini melanjutkan hidup tanpa mengingat dirinya.
Peter saat itu beroperasi penuh sebagai Spider-Man di jalanan New York. Tekanan mental akibat kesepian memicu perubahan biologis tak terkendali pada kekuatannya.
Di tengah transformasi fisik dan batinnya, muncul ancaman misterius berupa musuh baru yang kuat dan meneror kota dan memanipulasi orang-orang di sekitarnya. Peter terpaksa harus meminta bantuan Bruce Banner (Mark Ruffalo) untuk memahami perubahan kekuatannya sekaligus menghentikan ancaman berbahaya tersebut.