U.C.0105, dua belas tahun setelah Pemberontakan Char. "Mafty" telah mulai melawan pemerintahan tirani Federasi dengan membunuh para pejabat tingginya. Pemimpinnya sebenarnya adalah Hathaway Noa, putra Bright Noa, yang bertempur dalam Perang Satu Tahun bersama Amuro Ray.
Seorang gadis bernama Gigi Andalusia, yang menunjukkan kekuatan luar biasa, telah mengingatkan Hathaway pada trauma masa lalu. Meskipun ia bingung dengan kata-katanya, ia bersiap untuk melakukan serangan udara pada konferensi Adelaide, bertekad untuk memenuhi tujuan Mafty dan mengubur masa lalunya sendiri. Meskipun terpengaruh oleh kata-kata misteriusnya, ia terus mempersiapkan misi Mafty — serangan terhadap Konferensi Adelaide. Sementara itu, Kenneth Sleg dari Pasukan Federasi mempersiapkan operasi pertahanan untuk Konferensi Adelaide dan sebuah rencana untuk melenyapkan Mafty, ketika ia didekati oleh Handley Yoxon dari Organisasi Polisi Kriminal dengan sebuah proposal rahasia. Saat Hathaway dan Kenneth mengejar tujuan masing-masing, Gigi juga berangkat ke Hong Kong untuk memenuhi perannya sendiri.