Film ini bercerita tentang Takeshi Hongo (Sosuke Ikematsu), pengendara motor yang diculik oleh organisasi jahat SHOCKER dan diubah menjadi manusia cyborg setengah belalang. Perjuangan Hongo sebagai Kamen Rider ditemani oleh Ruriko Midorikawa (Minami Hamabe), anak dari seorang mantan petinggi SHOCKER.
Seiring berjalannya film, Hongo juga bertemu Hayato Ichimonji (Tasuku Emoto), cyborg setengah belalang lain, buatan SHOCKER. Bukan cuma itu, Ruriko dan Hongo juga dibantu oleh Taki (Takumi Saitoh) dan Tachibana (Yutaka Takenouchi), dua agen pemerintah misterius.
Shin Masked Rider disutradarai oleh Hideaki Anno, sutradara Shin Godzilla dan produser Shin Ultraman. Penggemar anime juga pasti mengenali Hideaki Anno sebagai kreator anime legendaris Neon Genesis Evangelion.