Manitas Del Monte, seorang bos kartel Meksiko memilih jalan tak terduga—mengubah identitasnya secara total menjadi perempuan bernama Emilia Pérez demi melepaskan diri dari masa lalunya yang kelam. Dalam usahanya itu, ia dibantu seorang pengacara bernama Rita, yang berperan penting dalam merencanakan transisinya secara rahasia. Namun, ternyata musuhnya tak berhenti mengejar Manitas dan mengancam nyawa istri serta anak-anaknya.